其实故事并不复杂，9个机器人代表着人性，是人类的灵魂，科学家想让没有灵魂的机器之母吸收9个灵魂，最终改邪归正。这是科学家的本意，他在录制的视频末尾说了：“你们和移魂器合起来，将保护未来。”
　　 9号知道真相后，看着死的科学家的脸，那一刻他决定赶回阻止1号等人杀死机器之母。他也确实这么做了，在结尾处也准备牺牲自己来改善机器之母，但这时候1号突然冲了上。一直自私而懦弱的1号为什么会突然冲上呢？且看他冲上前自语的一段话：“人类什么都没留给我们，什么都没有，为什么我们要纠正他们的错误？”站在1号的角度，他和其他八个机器人是同类，是同一个种族，对他而言，人类是另外一个毫不相干的种族，为什么要为了人类牺牲自己的种族呢？所以1号冲上推开了9号，也许他当时良心发现，也许因为9号曾救过他的命，他想报恩，总之在那一刻，他不愿看到自己的同伴为了毫不相关的人类而牺牲，所以他冲了上。这是一直懦弱自私的1号闪现出来的伟大之处。
　　 眼见1号的灵魂就要被机器之母吸走，9号情急之下，想救1号，所以扑上把移魂器拔了出来，在机器之母把爪子伸向他的时候，他本能之下使用移魂器对准机器之母，吸出了五个同伴的灵魂，使机器之母丧失动力而毁灭。9号在这一瞬间做出的一系列反应，其实是出自于人性的本能。
　　 结尾的祭祀仪式，五个同伴冲9号微笑，然后升天。这一幕可以看出，九个机器人尽管最初相互间有些摩擦和不愉快，但在经过一系列的事情之后，还是产生的那种同一种族的情谊。
　　 结尾时7号问：“以后会发生什么事呢？”9号回答：“说真的，我也不确定，不过现在这个世界是我们的。”是了，对9号而言，他拥有灵魂，其实就是一个独立的个体了，相当于是一个人，他有思想，有喜怒哀乐，有喜欢的人（7号），他也眷恋这个世界，对他而言，牺牲自己改善机器之母是科学家赋予他的使命，毁灭机器之母让自己和自己的同类存活下是另外一种选择，他本想选择前者，奈何1号阻止了他，他在本能反应下终结了机器之母，选择了让自己和同类生存下。结尾处下雨时，可以看见9号、7号和3号4号脸上幸福的笑容。对于他们而言，与牺牲自己完成科学家的使命比起来，也许他们更愿意选择生存下吧。
　　 人何尝不是如此呢？面对一些需要牺牲自己的情况时，比如家国之难，你是肯大无畏地面对死亡呢，还是宁愿选择生存下，哪怕是苟活偷生？我想，《机器人9号》的结尾，告诉我们的，正是编剧内心的选择，一种人性化的选择。这样的结尾，不落俗套，意味深长……